«Molecular Graphics: Protein Structure Visualization with PyMOL»
ΝΙΚΗ ΓΕΩΡΓΙΑΔΟΥ, Προπτυχιακή φοιτήτρια, Τμήμα Μοριακής Βιολογίας & Γενετικής, ΔΠΘ
ΣΩΤΗΡΙΟΣ ΤΟΥΛΙΟΠΟΥΛΟΣ, Προπτυχιακός φοιτητής, Τμήμα Μοριακής Βιολογίας & Γενετικής, ΔΠΘ
Οπτικοποίηση της δομής πρωτεϊνών και εντοπισμός αλληλεπιδράσεών τους σε σύμπλοκα με το DNA ή μικρά μόρια. Το workshop θα πραγματοποιηθεί με το πρόγραμμα μοριακών γραφικών PyMOL.
- Στόχοι
- Εξοικείωση με την χρήση του προγράμματος PyMOL.
- Αναγνώριση βασικών στοιχείων δευτεροταγούς δομής πρωτεϊνών.
- Εντοπισμός αλληλεπιδράσεων που σταθεροποιούν πρωτεϊνικά σύμπλοκα ή σύμπλοκα πρωτεΐνης – DNA.
- Μεταλλάξεις σε αμινοξικά κατάλοιπα και εκτίμηση του αντίκτυπού τους στην σταθερότητα της πρωτεΐνης.
- Υπέρθεση δομών απουσία και παρουσία προσδέτη και εντοπισμός αλλαγών που επιφέρει η πρόσδεση.
- Δημιουργία εικόνων κατάλληλων για δημοσίευση.
- Προαπαιτούμενες γνώσεις
- Βασικές γνώσεις βιοχημείας/ δομικής βιολογίας (αναδίπλωση πρωτεϊνών και στοιχεία δευτεροταγούς δομής)
- Για το workshop απαιτείται:
- Υλικό προετοιμασίας που θα σταλεί στους συμμετέχοντες
- Υπολογιστής για κάθε συμμετέχοντα (ο κάθε συμμετέχοντας θα φέρει τον δικό του υπολογιστή)
- Ειδικό λογισμικό που θα χρειαστεί να εγκατασταθεί στους υπολογιστές των συνέδρων
Μέγιστος Αριθμός Συμμετεχόντων: 20 άτομα
Διάρκεια: 3 ώρες
