Ο Μιχάλης Αϊβαλιώτης είναι Αναπληρωτής Καθηγητής Βιοχημείας στο Εργαστήριο Βιολογικής Χημείας στο Τμήμα Ιατρικής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης (ΑΠΘ) από τον Δεκέμβριο του 2017, και συντονιστής της ερευνητικής ομάδας Λειτουργικής Πρωτεϊνωματικής και Βιολογίας Συστημάτων στο ΑΠΘ (FunPAth) με έδρα το Κέντρο Διεπιστημονικής Έρευνας και Καινοτομίας (ΚΕΔΕΚ-ΑΠΘ) από το Οκτώβριο του 2018. Από τον Οκτώβριο του 2020 είναι μέλος της συντονιστικής επιτροπής του ΔΠΜΣ «Ιατρική Ακριβείας: Μεταφραστική Έρευνα και Θεραπευτική» και μέλος της συντονιστικής επιτροπής του Αγγλόγλωσσου Προγράμματος Προπτυχιακών Σπουδών του Τμήματος Ιατρικής του ΑΠΘ. Έλαβε το πτυχίο του στη Χημεία και το MSc του στη Βιοχημεία από το Πανεπιστήμιο Κρήτης το 2002 και το 2003, αντίστοιχα. Το 2005 ολοκλήρωσε τη διδακτορική του διατριβή στη Βιοχημεία στο ίδιο Πανεπιστήμιο σε συνεργασία με το Πανεπιστήμιο Johann Wolfgang Goethe (Φρανκφούρτη, Γερμανία) και την ερευνητική ομάδα του πρωτοπόρου στην εφαρμογή της φασματομετρίας μάζας στην πρωτεϊνωματική ανάλυση, Καθ. Δρ Michael Karas. Ως αναγνώριση της αριστείας κατά τη διάρκεια του διδακτορικού του, έλαβε τις υψηλού κύρους και άκρως ανταγωνιστικές υποτροφίες από το ίδρυμα Alexander von Humboldt και την Max-Planck Society για μεταδιδακτορική έρευνα στο Ινστιτούτο Βιοχημείας Max Planck (Martinsried, Γερμανία) και στο Ινστιτούτο Φαρμακευτικής Χημείας του Πανεπιστημίου του Johann Wolfgang Goethe, στις ομάδες του Καθ. Dr Dieter Oesterhelt και του Καθ. Δρ. Michael Karas, αντίστοιχα (2005-2008). Το 2008 επέστρεψε στην Ελλάδα στο Ίδρυμα Βιοϊατρικών Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών ως μεταδιδακτορικός ερευνητής και το 2009 μετακόμισε στο IMBB-ΙΤΕ ως μεταδιδακτορικός ερευνητής για την οργάνωση, ίδρυση και λειτουργία του Proteomics Facility στο IMBB (ProFI). Το 2013 ανέλαβε τον συντονισμό του ProFI, και τον Νοέμβριο του 2016 εξελέγη ειδικός λειτουργικός επιστήμονας στο IMBΒ συμμετέχοντας σε περισσότερα από 130 διαφορετικά ερευνητικά προγράμματα και παρέχοντας εκπαίδευση και επίβλεψη σε περισσότερους από 60 διαφορετικούς ερευνητές, τεχνικούς και φοιτητές. Το 2017 διορίστηκε Αναπληρωτής Καθηγητής Βιοχημείας στο Τμήμα Ιατρικής του ΑΠΘ και παρέμεινε συνεργαζόμενο μέλος ΔΕΠ και επιστημονικός διευθυντής του ProFI στο IMBΒ μέχρι τον Σεπτέμβριο του 2020. Αυτήν τη στιγμή είναι συγγραφέας ή συν-συγγραφέας σε περισσότερα από 60 ερευνητικά άρθρα με κριτές, και κριτής σε πληθώρα διεθνών επιστημονικών περιοδικών (Journal of Proteome Research, Antioxidants & Redox Signaling, Molecular and Cellular Proteomics, FEBS Journal, Nature). Επιπλέον, είναι μέλος έντεκα επιστημονικών εταιρειών (FEBS, ACS, ASMS, ASBMB) και έχει συμμετάσχει στη διοργάνωση πολλών διεθνών συναντήσεων, συνεδρίων και εκπαιδευτικών σεμιναρίων. Από το 2023 είναι εκλεγμένο μέλος της συντονιστικής επιτροπής της Ελληνικής Εταιρείας Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας και μέλος της Επιτροπής Εκπαίδευσης της European Proteomics Association (EuPA).